La película comienza con el prólogo que abre con una nueva piloto, Mari Illustrious Makinami, que toma el control de la unidad Provisional 05 y trata de detener al Tercer Ángel, que está escapando de la Base de Betania de NERV, situada en el Ártico. El Ángel, después de haber sido encontrado en el permafrost, fue capturado y confinado en el sistema de contención de Cocito(uno de los más seguros del mundo, según se comenta en la película), pero logró escapar, y cuando se dirige a los alrededores de la zona Aqueron, circundante a la base, el EVA 05 lo ataca. Después de recibir muchos daños, se ve destruida la unidad y acabado el Ángel, siendo eyectada en el Entry Plug y destruida gran parte de la base de Betania.

De vuelta en Japón, Shinji y Gendo visitan la tumba de Yui. Luego, Kaji llega al despacho de Gendo confirmando la interrupción del proyecto Marduk que se realizaba en Betania y le entrega una maleta que contiene la "Llave de Nabucodonosor", la llave para abrir la puerta de la Complementación Humana (tal vez el embrión de Adán). Entonces el Séptimo Ángel ataca la ciudad, pero es derrotado por la recién llegada piloto Shikinami Asuka Langley y la Unidad 02.